Istniejemy dopiero od 1991 roku. Powstaliśmy na mocy zarządzenia nr 12/91 Kuratora Oświaty i Wychowania w Elblągu jako "jednostka budżetowa podporządkowana Kuratorowi Oświaty i Wychowania" jako II Liceum Ogólnokształcące. Na mocy Uchwały Rady Powiatu z dnia 01.09.2002r. nasza szkoła zmieniła nazwę na: Zespół Szkół Ponadgimnazjalnych Nr 2 w Malborku,teraz szkoła to:

1. II Liceum Ogólnokształcące – trzyletnie

2. Liceum Profilowane - trzyletnie

3. Liceum Plastyczne - czteroletnie

4. Szkoła Policealna Nr 2 dla Dorosłych

Na początku zostały utworzone 4 pierwsze klasy o profilach: matematyczno-fizycznym, humanistycznym, biologiczno-chemicznym i ogólnym. Później stopniowo dochodziły następne roczniki (i następni nauczyciele). Wspólnie urządziliśmy i wyposażyliśmy gabinety przedmiotowe (każda klasa ma własny, niepowtarzalny charakter), jak też pracownie (w tym 3pracownie informatyczne - w jednej znajduje się 21komputerów: Celeron 1,7GHz, serwer; w drugiej pracowni19 komp. + serwer, w trzeciej pracowni16komp. w bibliotece4+1 centrum multimedialne oraz w poszczególnych klasach) i teren wokół budynku. W szkole działa również chór szkolny "Rezonans" mający już na swoim koncie liczne koncerty (także zagraniczne).


Językami obcymi w klasach są:
- język angielski;
- język niemiecki;
- język łaciński.

W roku szkolnym 2007/2008 utworzone zostały:

II Liceum Ogólnokształcące

1. Klasa z wiodącymi przedmiotami: matematyka, fizyka. Przedmioty wiodące : biologia, geografia, język angielski. Przedmioty dodatkowe - informatyka - 1 oddział

2. Klasa z wiodącymi przedmiotami: język polski, historia. Przedmioty dodatkowe - edukacja kulturoznawstwa i medialna - 1 oddział

3. Klasa z wiodącymi przedmiotami: historia, WOS. Przedmioty dodatkowe - podstawy dziennikarstwa - 1 oddział

4. Klasa z wiodącymi przedmiotami: WOS, geografia. Przedmioty dodatkowe: elementy prawa i europeistyki - 1 oddział

Liceum Plastyczne

1. Zawód – plastyk - 1 oddział
        Specjalizacja - reklama wizualna

Szkoła Policealna Nr 2 dla Dorosłych

 Na podbudowie szkoły średniej kształcąca w zawodach:

1. Technik Ochrony Fizycznej Osób i Mienia - 1 oddział
2. Technik Organizacji Reklamy - 1 oddział
    Czas trwania nauki: 2 lata

Nasza szkoła - stało się to już tradycją - jest otwarta dla młodzieży niesprawnej fizycznie, która znajduje tu wsparcie i pomoc w zdobywaniu wykształcenia w ramach indywidualnego nauczania.
Zajęcia ze wszystkich przedmiotów prowadzone są przez dobrze wykwalifikowaną kadrę nauczycieli z wyższym wykształceniem.
Jesteśmy placówką, która może się pochwalić działalnoścą w zakresie pracy dydaktycznej. Dotyczy to nie tylko pracy z uczniami przygotowywanymi do konkursów i olimpiad przedmiotowych ale działań związanych z eksperymentami dydaktycznymi. Przed reformą uczniowie klas II mogli wybrać zajęcia fakultatywne zgodne ze swoimi zainteresowaniami oraz wybranym profilem. Klasy pierwsze miały profil podstawowy.
Od momentu powstania, oprócz normalnych zajęć dydaktycznych, przeprowadzany jest eksperyment pedagogiczny polegający na szerszym niż zazwyczaj wprowadzeniu środka dydaktycznego, jakim są hodowle szkolne zwierząt i roślin. Celem tego eksperymentu było rozbudzenie świadomości ekologicznej uczniów a także zwrócenie uwagi na potrzeby organizmów żywych i na odpowiedzialność człowieka za ich los. W ramach tego eksperymentu, w klasach i na korytarzach zostały rozlokowane liczne akwaria i terraria, a opiekę nad hodowlami w nich zwierzętami sprawują sami uczniowie. Wszelkie prace porządkowe i pielęgnacyjne są wykonywane przez nich samodzielnie w ramach zajęć pozalekcyjnych, pod kontrolą nauczyciela. Zwierzęta są też pod stałą kontrolą weterynaryjną.
Wprawdzie trzon hodowli oparto na zwierzętach egzotycznych (głównie z powodu łatwości hodowli oraz braku obwarowań prawnych dotyczących form ochrony gatunkowej tych organizmów), jednak coraz częściej szkolne mini-ZOO staje się schroniskiem dla zwierząt niechcianych i porzuconych. Jednocześnie szkoła nasza jest miejscem częstych odwiedzin zorganizowanych grup młodzieży z innych szkół średnich , podstawowych i nawet przedszkoli. Odbywają się tu liczne lekcje pokazowe i wycieczki dydaktyczne dla uczniów z całego praktycznie regionu.
Obecnie w posiadaniu szkoły są następujące zwierzęta:
chomiki, szczury, świnki morskie, króliki, papuga (nimfa), żółwie czerwonolice, węże (boa dusiciel, zbożowy, pyton królewski 2x), legwan zielony i ryby akwariowe (różne gatunki) oraz znajdujący się na światowej liście gatunków zagrożonych -kajman okularowy.
Nasze działania nie pozostały niezauważone. Od kilku lat prowadzimy współpracę z Furulund school w Sölvesborg (Szwecja) polegającą między innymi na organizowaniu wspólnych obozów ekologicznych dla młodzieży i pedagogów. W czasie obozów nie tylko wymieniamy doświadczenia w zakresie form edukacji ekologicznej, ale podejmowane są też różnorakie działania na rzecz ochrony środowiska w skali szkoły, najbliższej okolicy i miasta. Działamy tu w oparciu o założenia programu Agenda 21. Jednocześnie uczniowie poznają podstawowe formy naukowej analizy ekologicznej środowiska przyrodniczego również poprzez działania w terenie a także mają możliwość uczestnictwa w prelekcjach i wykładach prowadzonych przez pracowników naukowych. Obozy te są także doskonałą formą promocji obu miast partnerskich jak też dają możliwość zapoznania się z odrębnymi wzorcami kulturowymi.

Jednocześnie, w związku z przeniesieniem szkoły do nowego budynku, rozszerzono hodowlę. Stworzono oranżerię, w której zwierzęta mogą być eksponowane w naturalnym otoczeniu roślinności tropikalnej oraz ekologicznych akwariów będących odpowiednikami naturalnych, samowystarczalnych ekosystemów w skali mikro.
Wewnętrzne badania nad wpływem hodowli szkolnych na edukację ekologiczną młodzieży, przeprowadzone w ubiegłych latach, wykazały jednoznacznie pozytywny wpływ hodowli szkolnych na stosunek młodzieży do otaczającej przyrody i na zrozumienie potrzeb organizmów i całego środowiska przyrodniczego. Uczniowie powszechnie zaakceptowali obecność w szkole licznych zwierząt, w tym też egzotycznych gadów, a opieka nad hodowlami wyraźnie rozwija u nich postawę odpowiedzialności za losy całej przyrody.
Nasza szkoła wykazuje ogromne zainteresowanie kondycją fizyczną, zdrowotną i psychiczną uczniów. Organizowane zajęcia sportowe pozwalają właściwie spożytkować nadmiar energii. Uczniowie naszej szkoły odnoszą znaczące sukcesy na arenie sportowej. Przy szkole działa szkolny klub sportowy Sokół z sekcjami gier zespołowych unihoca, tenisa stołowego i lekkiej atletyki. W okresie ośmiu lat funkcjonowania szkoły 16-stu uczniów reprezentowało szkołę na szczeblu centralnym w finałach Mistrzów Polski. Najliczniejsza grupa spośród startujących to lekkoatleci. Sekcja lekkiej atletyki należy do wiodących w klubie znaczący wpływ w rozwoju sportu w naszej szkole miało oddanie do użytku w 1998 roku wielofunkcyjnej hali sportowej przystosowanej do uprawiania lekkiej atletyki.
Do największych osiągnięć należy :
1. Złoty medal Ewy Przytulskiej w trójboju siłowym w Mistrzostwach Polski oraz udział w Mistrzostwach Europy i świata w 1998.
2. Srebrny medal Joanny Frycy w Małym Memoriale J. Kusocińskiego (Mistrzostwa Polski Młodzików) w chodzie na 3000m w 1996 roku oraz brązowy medal w Halowych Mistrzostwach Polski Juniorek Młodszych w 1997
3. IV miejsce drużyny unihoka w Międzynarodowym Festiwalu unihoka w Elblągu w 1999r. oraz uczestnictwo Sławomira Janiewicza w mieczach międzypaństwowych w unihoca.
Jesteśmy również organizatorem wielu imprez sportowych m.in. Festiwalu Skoku Wzwyż przy muzyce, Halowych zawodów lekkoatletycznych o zasięgu miejskim i regionalnym.
Możemy pochwalić się także ściśle naukowymi osiągnięciami. Nasi uczniowie brali już udział we wszelkich możliwych olimpiadach przedmiotowych - w Olimpiadzie Historycznej i Olimpiadzie Wiedzy Ekologicznej doszliśmy nawet parokrotnie do etapu centralnego (uczestnictwo w etapach rejonowych olimpiad jest już regułą).
Z innych form działalności szkoły warto wymienić, prowadzoną w latach 90-tych innowację pedagogiczną pod nazwą "Promocja Talentów". Polega ona na tym, że wybitni uczniowie klas VII i VIII szkół podstawowych w procesie indywidualnego nauczania zaliczają jednocześnie I klasę licealną i w następnym roku przyjmowani są od razu do klasy II.
Działalność szkoły została doceniona! Od 1994 roku należymy do Klubu Przodujących Szkół.

Od 1996 r. zaczęliśmy remontować nową siedzibę szkoły, która mieści się w zabudowaniach byłych Koszarów Wojskowych. Od kwietnia 1998 r. funkcjonuje już nowa sala sportowa (jedna z najnowocześniejszych w regionie).

Od 1997 r. szkoła przeżywa okres rozwoju INTERNETU. Owocem działania tegoż systemu jest strona którą właśnie oglądacie.

9 II 2001 rok
- Uroczystość otwarcia nowego budynku -

 Z rąk ministra dyrektor otrzymał Medal Edukacji Narodowej. Remont kosztował 3mln zł., uczniowie mają do nauki 26 sal lekcyjnych (poprzednio 14), przewidziano miejsca dla 650 osób.  Po części oficjalnej zaprezentowano gościom i rodzicom przepiękny program artystyczny w wykonaniu uczniów. Po prezentacji talentów młodzieży, nastąpiło uroczyste przecięcie wstęgi i poświęcenie budynku. A potem wszyscy tłumnie zwiedzali szkołę.
Historia nowego budynku

Budynki należące do kompleksu koszarowego powstały w latach 1913-1914. Koszary obsadzono "Mazurskim Batalionem Taborowym nr 21". Batalion ten 2 lutego 1920 roku, zgodnie z traktatem wersalskim, podpisanym 28 czerwca 1919 roku, a wchodzącym w życie 10 stycznia 1920 roku, opuścił Malbork. W budynkach znajdował się jeszcze Urząd do powoływania rezerwy. Na terenach tych powstały jesienią 1921 roku pierwsza we wschodnich i zachodnich Prusach malborska Szkoła Jazdy Konnej, założona przez kapitana D. Domańskiego.

27.02.2001 r. - w nowym budynku naszej szkoły został podpisany dokument o współpracy szkoły z Uniwersytetem Gdańskim. w ten sposób ukończone zostały starania o utworzenie w naszym mieście oddziału wyższej szkoły pedagogicznej. Własnoręczne podpisy na dokumencie poszerzającym oferty wyższego szkolnictwa podyplomowego w naszym powiecie złożyli: prorektor UG prof. Witold Turnowiecki, Julian Grzanko - starosta oraz Jan Pawlina - nasz dyrektor i pomysłodawca projektu.

Współpraca z zagranicznymi szkołami

Od 1999 rok trwa współpraca między naszym liceum, a młodzieżą ze Szwecji. Kontakt ten przez obie strony oceniany jest bardzo korzystnie. Raz w roku grupa naszych uczniów jedzie do Szwecji, a Szwedzi przyjeżdżają do Malborka. Celem wymian jest przede wszystkim poznanie innego kraju, zwyczajów, zabytków, a także możliwość szlifowania języka angielskiego, bo w takim języku się porozumiewamy. Uczniów szwedzkich bardzo zaskoczyły zwierzęta w szkole, ale bardzo im się spodobał ten pomysł. SZWECJA 29.09. - 04.10.2002 r. -17 uczniów i 2 nauczycieli naszej szkoły uczestniczyło we wspólnym polsko-szwedzko-litewskim obozie w miejscowości Solvesberg. Głównym celem spotkania było stworzenie wizji wspólnej Europy zjednoczonej w ramach Unii Europejskiej. Program składał się z dwóch części. Pierwsze zadanie dotyczyło podsumowania wyników ankiet przeprowadzonych przed obozem w szkołach w Polsce, Szwecji i na Litwie, odnośnie wiedzy o Unii Europejskiej oraz nastawienia młodzieży do jej problemów. Drugie zadanie polegało na prezentacji przez uczniów scenek z życia w przyszłej zjednoczonej Europie.

Dwóch uczniów kl. IV c pracowało nad indywidualnym programem dotyczącym porównania systemów edukacji w Polsce i Szwecji. Dodatkową atrakcją wyjazdu były imprezy kulturalne i towarzyskie, stwarzające możliwość doskonalenia się w posługiwaniu się językiem angielskim.

W nowym budynku szkoły nie mogło zabraknąć profesjonalnej pracowni komputerowej. Uczniowie mają dostęp do Internetu. W szkole znajdują się 74 stanowiska, z czego cztery są w bibliotece i czytelni -  Multimedialne Centrum Informacji, w pracowni fotografii i reklamy znajdują się  cztery komputery, w pracowniach informatycznych natomiast: sala 3.3 21 stanowisk, sala 3.2 21 stanowisk, sala 1.1 16 stanowisk.
Za aktualizację programów komputerowych i renowację starych komputerów odpowiadają nasi informatycy: mgr Anna Ulman i mgr Krzysztof Hamryszczak.

Przy szkole powstało SKELO 2, czyli Szkolny Klub Europejski. Powstał on w sposób niekonwencjonalny. Najpierw działania a dopiero później utworzenie klubu.